Страна разделена на 2 провинции: Сан-Томе и Принсипи.
Провинция Сан-Томе (столица — Сан-Томе) занимает территорию острова Сан-Томе и является наиболее населённой провинцией.
Провинция Принсипи (столица — Санту-Антонью) располагается на острове Принсипи. Её площадь составляет около 142 км². С 29 апреля 1995 г. провинция является автономной.
Провинции, в свою очередь, разделены на 7 округов: шесть на Сан-Томе и один на Принсипи.
1.Агуа-Гранде(Административный центр:Сан-Томе, Площадь:17км²,Население:56 492)
2.Кантагалу(Административный центр:Сантана, Площадь:119км²,Население:14 681)
3.Кауи(Административный центр:Сан-Жозе-душ-Анголареш, Площадь:267км²,Население:6 324)
4.Лемба(Административный центр:Невеш, Площадь:229км²,Население:11 759)
5.Лобата(Административный центр:Гвадалупе, Площадь:105км²,Население:17 251)
6.Ми-Сочи(Административный центр:Тринидад, Площадь:122км²,Население:38 668)
7.Пагуи(Административный центр:Санту-Антонью, Площадь:142км²,Население:6 737)