В стране наблюдается катастрофический рост числа больных ВИЧ и СПИДом. Количество медицинских учреждений ничтожно, а средств для закупки медицинских препаратов у государства нет.
Некоторую помощь в сфере здравоохранения оказывает Европейское командование ВС США по программе партнёрства с африканскими странами. Например, повышается квалификация военных врачей, была отремонтировна больница в Сан-Томе и т. п.