Согласно опросу 2000 года, 60.0% процентов населения получили аттестат об окончании старшей школы (аналог полного среднего образования в России) и выше, а 18.3% имеют как минимум степень бакалавра.

Эти показатели стоят на шестом месте с конца по сравнению с основной территорией США, где средний национальный уровень составляет 80.4% и 24.4% соответственно.  По состоянию 2002 года, уровень грамотности среди населения на острове составляет 94.1%, причём уровень грамотности у женщин чуть лучше по сравнением с уровнем у мкжчин. 

Частные школы управляются различными негосударственными организациями, большей частью Римской Католической Церковью. Двумя крупными государственными высшими образовательными учреждениями являются Университет Пуэрто-Рико (исп. Universidad de Puerto Rico) и Университет Сан-Хуан (исп. Colegio Universitario de San Juan).

Крупными частными университетами на острове являются Университет Ана Г. Мендес (исп. Sistema Universitario Ana G.Méndez), Межамериканский университет (исп. Universidad Interamericana de Puerto Rico), Католический Университет (исп. Pontificia Universidad Católica de Puerto Rico) и Университет Священных Сердец (исп. Universidad del Sagrado Corazón). 

Ежегодно примерно 100.000 учащихся посещают 1.500 школ. Министерство образования, имеющее в штате 45 тысяч учителей, является самым крупным работодателем на острове. Федерация учителей Пуэрто-Рико является самым большим профсоюзом, объединяющем всех постоянно работающих учителей в Частные школы управляются различными негосударственными организациямигосударственном секторе.Агустин Шталь, 21 января 1842, Аквадилла, Пуэрто-Рико — 12 июля 1917, Байямон, Пуэрто-Рико) — первый известный пуэрториканский учёный.

Шталь учился в университетах в Вартбурге и в Карловом в Праге (выпущен со званием доктора медицины в 1864). После обучения возвратился в Пуэрто-Рико, где практиковал в городе Байямон.В свободное время занимался этнографией, историей, ботаникой и зоологией. Добился весомых успехов в этих областях науки.

Шталь был отмечен множеством наград, в том числе Испанского антропологического общества, Академии наук и искусств Барселоны, Академии медицинских наук Каталонии.Дом в Байямоне, где он жил, по почину местных властей превращён в музей.Бюст Агустина Шталя работы пуэрториканского скульптора Томаса Батисты (Tomás Batista) установлен в Университете Кайе (Cayey).