Протестантизм подвергался гонениям во времена испанского правления. Например, первая некатолическая англиканская Церковь Св. Троицы в Понсе зазвонила в свои колокола только в 1898 году, с высадкой американских войск на острове.

Также имеется небольшая еврейская община в городе Сан-Хуан и в его окрестностях, представляющая все ветви иудаизма. Имеется мусульманская община с молельными домами по всему острову. 

Три основные мечети расположены в Рио-Пьедрас, Понсе и Мега Альта.

Благодаря нескольким сторонникам были вновь открыты религиозные обряды таино.