Территория страны Пуэрто-Рико – 13, 7 тыс. кв. км, в ее состав входит сам остров Пуэрто-Рико и другие небольшие острова Карибского бассейна (Вьекес, Кулебра, Мона, Кулебрита, Паломино, Мона, Монито, Десечео и Каха-де-Муэртос). Наибольшая ширина осрова – 65 км, а длина (с запада на восток) около 180 км.
Климат Пуэрто-Рико теплый, ровный, без резких перепадов температур (зима несколько прохладнее лета – зимой здесь до 24 градусов, а летом прогревается до 30, а температура дня и ночи практически постоянна). С точки зрения географии, такой климат называется тропический пассатный. Температура в южных районах как правило, немного теплее, северных территорий, а в центре всегда ощутимо прохладнее, чем на побережье. Это объясняется тем, что центральная часть острова – гористая местность.
Большая часть страны занята горной системой Центральной Кордильеры с высшей точкой – Серро-де-Пунта, 1339 м). Массив острова сложен породами мелового периода и эоцена (самые «старшие» участки обнаружены в юго-западной части острова – 190 млн. лет).
Породы, образующие верхние слои почвы сильно подвержены выветриванию, поэтому районы, расположенные на окраинах богаты плодородными речными долинами и сглаженными холмистыми областями, а в зеленой северо-западной части острова довольно много пещер и карстовых воронок. Количество годовых осадков зависит от части острова, причем существенно – колебания от 900 на юге и западе страны до 2000-2500 мм в районе пика Эль-Юнке.
Очень часто на территории происходят такие природные катаклизмы, как ураганы со скоростью ветра на периферии тайфуна до 150 км/ч. Если можно так выразиться, они являются довольно обычным явление. Предполагается, что слово «ураган» происходит от имени пуэрто-риканского бога зла Хуракан. Сезон сильных дождей, порывистых ветров и ураганов приходится на период с мая по ноябрь. Погода в этот период довольно жаркая, очень влажная и ветреная.
Параллельно северному побережью острова тянется желоб Пуэрто-Рико (длина 1070 км, глубина – до 8742 м) – одна из самых глубоких подводных впадин в Атлантическом океане.
Водные ресурсы Пуэрто-Рико довольно обширны, для такого небольшого острова – здесь 17 озер (правда большинство из них, даже почти все - искусственные) и более 50 достаточно полноводных рек, сбегающих со склонов Центральной Кордильеры. Реки в северной части острова значительно более полноводны, чем на юге.
Ввиду того, что в предыдущие годы и десятилетия природа Пуэрто-Рико сильно пострадала, в основном от деятельности человека. Поэтому правительство выделяют достаточно средств для сохранения и восстановления природы. Под заказники и национальные парки отведено около 5 % территории страны.
В них можно встретить более 230 видов встречающихся только здесь растений, около 20 видов птиц, в том числе редчайший пуэрториканский попугай, и около 40 исчезающих видов рептилий. Естественные тропические леса страны являются её настоящей гордостью, причем здесь можно обнаружить как влажные дождевые леса северо-западной части страны, так и сухие прибрежные леса южного региона.