Более поздний анализ митохондриальной ДНК, взятый у 800 человек, обнаружил мтДНК американских индейцев у 61,1 % жителей, мтДНК африканцев у 26,4 % жителей и мтДНК белой расы у 12,5 % жителей Пуэрто-Рико.

В 1800-е годы сотни корсиканцев, французов, ливанцев, китайцев и португальцев, наряду с большим количеством иммигрантов из Испании, Канарских островов и других испанских колоний в Южной Америке переехали в Пуэрто-Рико. 

После Декрета 1815 года, позволившего иностранцам селиться в Пуэрто-Рико, в страну прибыли тысячи иммигрантов из всей Европы. Массовая иммиграция в XIX веке привела к тому, что население острова увеличилось с 155 000 в 1800 году до почти миллиона в конце века. 

Перепись населения, проводимая в соответствии с королевским декретом 30 сентября 1858 года, даёт следующую картину населения того времени: белое население — 300 430 человек, свободное цветное население — 341 015, рабы — 41 736, неопределено — 127 человек. Позднее Пуэрто-Рико стало постоянным домом для более 100 000 иммигрантов, приехавшим не только из Испании, но также из стран Латинской Америки. В страну въехали выходцы из Аргентины, Кубы, Доминиканской Республики, Колумбии и Венесуэлы. Большое разнообразие фамилий также даёт представление о различном происхождении.

Эмиграция из страны также стала неотъемлемой частью недавней истории Пуэрто-Рико. После окончания Второй мировой войны вследствие бедности, дешёвых авиабилетов и поддержке правительства острова, волны эмиграции двинулись в США, особенно в Нью-Йорк, Чикаго, Бостон, Орландо, Тампу и Хартфорд. 

Эмиграция продолжалась даже после того, как экономика улучшилась, а рождаемость упала. Она продолжается и в настоящее время, и в совокупности с падением рождаемости, в ближайшие 20 лет может привести к быстрому старению населения и его уменьшению.

В 2000 году состоялась перепись населения, в которой пуэрториканцев спрашивали, к какой расе они причисляют сами себя. 95,8 % назвали только одну расу: 80,5 % причислили себя к белым, 8 % к чёрным и 0,4 % описали себя как представителей индейской расы.

Государственными языками в Пуэрто-Рико являются испанский и английский. Испанский язык является основным в государственных учреждениях, хотя английский язык является обязательным предметом обучения, начиная с начальной школы и заканчивая вторым курсом института. По данным 2006 года, примерно 3 860 120 человек используют испанский в качестве основного языка и 82 000 — английский.

Хотя относительно небольшая часть островитян считают английский своим основным языком, большая часть населения в крупных городах говорит на обоих языках или по крайней мере понимает английский и использует его в определённых ситуациях.

В 1991 году губернатор острова Рафаэль Эрнандес Колон подписал закон, провозгласивший испанский единственным официальным языком государственных учреждений Пуэрто-Рико. Хотя многие политики поддержали такое решение, сторонники вхождения в США на правах штата увидели в этом угрозу своим устремлениям.

Закон также приветствовало население Пуэрто-Рико, что стало результатом получения в 1991 году престижной Премии Принца Астурийского (исп. Premio Principe de Asturias) по литературе, выдаваемой ежегодно за вклад в литературу на испанском языке. В 1993 году новый губернатор Педро Россельо (исп. Pedro Rosselló) подписал другой закон, вернув английскому статус государственного. Это рассматривалось многими как шаг к сближению с США.